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王承恩自不必说，崇祯皇帝的死忠，可以跟崇祯一起上吊的那种死士。而史可法则是历史证明的忠于大明朝的大忠臣，现在又得到朱由检赏赐，有了一块丹书铁券，自然更加忠于朱由检了。
根据脑海里ie浏览器上查到的资料，朱由检对这个军事机构的组成模式已经有了一些眉目。
国家领袖的军事辅助机构，明朝有五军都督府、清朝有军机处、中国有军委、美国有参谋长联席会议、日本有枢密院。朱由检从这些机构中汲取了适合自己使用的组织架构，准备用于组建自己的军事辅助机构。
只是，他还需要有人将他的决策与明朝的实际情况结合一下。所以，这事必须要找一个军方重臣商量，让他给自己参谋一下。
王承恩虽然兼职了锦衣卫指挥使的职位，品级很高，但毕竟锦衣卫人数规模太小，加上王承恩的过往经历，导致他军事水平不够。而史可法，一直在军方任职，对明朝的军事情况显然比王承恩和朱由检都要了解得多。因此，对这个事，朱由检主要是征询史可法的意见。
当史可法正在兵部为四个新建兵工厂忙碌的时候，一名宦官带来了皇上的旨意，召史可法进皇宫商讨军情。
在皇上将军权全部收回后，南京五军都督府名存实亡，已经变成了一个联络机构，只是负责上传下达皇上和兵部的命令而已。而兵部，也变成了军方的后勤部门，对各大军区再也没有以前的约束力了。
如果不是他一向忠君爱国，那作为原南京兵部尚书兼五军都督府总督的史可法早就对崇祯帝不满了。不过，史可法的性格，让他不会对皇上收回军权的行为有什么抵触。他只是默默的配合，更加忠心的为皇上办事，管理好全**队的后勤事务罢了。
在接到宦官传旨，让他进宫与皇上商议军情的时候，史可法根本不知道皇上要商议的是什么军情。他以为，皇上找他商量的，又是军方后勤或兵工厂的事情。
但是，当来到乾清宫，见完礼，皇上说要建立自己的军事辅助机构时，史可**了好一会儿。
“如果皇上感到分身乏术，不能很好的指挥管理全**队的话，可以将兵部和五军都督府从内阁单独提出来，归皇上亲自指挥就行了。为何还要再成立一个新的辅助机构？”史可法发出疑问道。
朱由检摇头道：“因为以后的军队，将更加职业化、正规化，对军队作战功能的分类将更加的多。兵部和五军都督府都不能很好的达到协助朕指挥管理军队的功能，因此，必须重新成立一个机构，来协助朕指挥管理全**队。”
史可法点了点头，问道：“那皇上心中有什么计划没？”
于是，朱由检将自己心中已有的架构告诉了史可法，史可法表示赞同。然后，他再根据自己的经验，对其中一些不符合明朝实际的名称、架构进行了修正。
最后，两人商议了几天，再找王承恩、徐孚远进行参谋，拿出了最后的方案。
以朱由检的意见为主，最后拿出来的方案，是成立一个直属皇帝的大都督府，协助皇帝指挥和管理全国的所有军队。
其实，大都督府在明朝开国的时候，被朱元璋短暂使用过一段时间，用来协助朱元璋管理全国所有军队，但后来被五军都督府代替。
但是，到了朱由检这里，明显不可能再分什么前军、后军、左军、右军、中军，也就不可能称呼五军都督府了。
而且，朱由检的这个大都督府，功能也比五军都督府齐全多了，跟朱元璋的那个大都督府也大不一样，只是借用了这样的一个名字而已。
朱由检的大都督府成立后，由史可法出任第一任总督，授衔中将，协助皇帝处理日常军务。因为地方上的总督已经被全部取消，所以这个总督的名称倒不会再引起什么误会了。以后，大家都会知道总督就是指的皇帝直属的大都督府总督。
史可法之下，还设立副总督若干名，相当于后世的军委副主席和委员，但他们管的事不会太多。总督和副总督之间没有上下级关系，全部归皇帝直管。
这些副总督，没有定员，也没有职权划分，相当于一种闲职。
古代历史上，很多名将在平时是没有具体管事的，都赋闲在家。只有当发生大的战争，需要他们为国效力的时候，皇帝一纸诏书，将他们召唤上朝。
然后，皇帝任命他们为某一方面军统帅，率领若干支军队组成的一支大军，与敌人作战。战争结束后，向皇帝交卸统帅的职务，领取奖赏若干，然后继续赋闲在家，等待下一次召唤。
如此，这些统帅，平时跟下面的将士没有接触，只有战时的统兵作战，就谈不上拥兵作乱了。
这是古代皇帝对付一些将领拥兵自重的办法，朱由检觉得好嗯好，就将之抄袭了过来。
但是，现在明军的军队编制、武器装备、战略战术，都跟以前有很大的差别。那些统帅之才赋闲在家，战时再召唤过来用，可能就不是那么胜任了。
因此，朱由检需要让他们像上班一样，长时间研究大明军队的编制、武器、战略战术，并到军队当中去实地查看当前明军的训练、作战方法。如此，当他们真的统帅大军上战场的时候，才不会出错。这些副总督的职位，就是为这种人设立的。
身在大都督府，可以每天接触大量的军事机密，了解明军的情况，熟悉明军部队，还能互相讨论战略战术，这将为他们将来统兵作战提供便利。
到时候发生大规模的战争，需要几个军，甚至几个军区联合作战的时候，就要任命一个方面军统帅了。这个统帅，就将由皇帝任命，从这些大都督府的副总督中进行挑选。
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第178章 大都督府（二）（）
目前，被朱由检看中并任命为副总督的人只有两个，一个是黄公辅，另一个是顾锡畴。两人都是明末重臣，六十多岁，资历老、战功多，精通兵法谋略，是真正的统帅之才。
黄公辅是万历四十四年进士，曾任监察御史、陕西督师、河南巡抚、湖广总督、兵部侍郎、兵部尚书，率军剿灭湖广、江西、河南数省叛军。历史上明亡后组织义军反清复明，但独力难支，最后兵败**殉节，是一个统帅之才。
在崇祯十五年的时候，眼看崇祯皇帝昏庸、朝廷无能，黄公辅托病辞官，赋闲在家。根据资料查询，朱由检就将这个老帅扒了出来，一纸相召，让他赴京上任，出任大都督府副总督一职。平时就在大都督府专心研究改革后的明军编制、武器、战术，战时赴前线领导大军作战。
顾锡畴年龄比黄公辅低几岁，是万历四十七年进士，性格刚直，是朝中的主战派，力主练兵强国，曾任吏部主事、兵部侍郎、兵部尚书、东阁大学士、浙江都指挥使、浙江巡抚、福建总督、五军都督府右都督，同样战功卓著。因性格太刚，得罪北京朝廷无数大臣，群起攻之，崇祯帝也顶不住，于是将他削职，此时赋闲在家。明亡后在温州起兵反清，却不慎被汉奸、浙江总兵贺君尧派杀手偷袭致死。
朱由检也给顾锡畴下了旨，让他到南京出任大都督府副总督一职，跟黄公辅一起研究新时代下的明军战略战术，以备战时之用。
还有一个副总督，是朱由检的绝对心腹王承恩，他将在大都督府占据一个副总督名额。他不参与议事，但负责安排锦衣卫保护几位总督的人身安全，并向皇帝汇报大都督府的一些决议。这些保护总督们的锦衣卫人选，每一年都会更换一次。实际上，王承恩就是皇帝安插在大都督府，监视军方将领的特务头子。
大都督府之下，再设立平行的总行政部、总参谋部、总后勤部、总装备部、陆军五大军区、海军部、武警总部等部门。
在后世，各大军区都是被军委领导的对象，军区总司令的级别也没有四总部首长高。但是，在朱由检这里，将他们全部平级对待，就是为了弱化大都督府的职权，不能让这个部门凌驾于军区之上。所有的军事要害部门，都是由皇帝直接指挥管理，可以最大限度的掌控军权。
大都督府成立后，南京朝廷与军事相关的所有部门，根据相关职能并入大都督府。
兵部、五军都督府相关部门主要并入总行政部、总参谋部、总后勤部，吏部考察军方高级将领的部门和人员并入总行政部，户部主管军队预算与拨款的部门并入总后勤部，工部的武器研究室、南京兵工厂等部门并入总装备部。
还有其他一切与军队有关的日常管理部门，都从政府那边，合并到直属皇帝的大都督府里面来了。大明朝的军政事务，将进行彻底的分离，互不相关了。
当然，真正互不相关是不可能的。只是平时的日常工作，军队和政府已经不会再互相交叉到一起了。只有皇帝，才有权利对两边都进行管理和指挥。
兵部被并入大都督府，史可法出任大都督府总督，内阁副总理的职务就空缺了出来。作为这几年工部一直锐意改革，发明创造无数，并建立无数国营工厂公司为国库收入做出重大贡献的奖赏，崇祯皇帝直接任命工部尚书刘源济升任内阁副总理的职务，并继续兼任工部尚书。
从此以后，南京内阁所属的六部，就只剩下五部了，分别是吏部、礼部、户部、刑部、工部。“兵部”这一部门就从此消失在明末的历史中，其职能全部被大都督府相关部门所接替。
为了方便军队的专业化管理，朱由检再次对郑成功的军队进行了分割。福州军区总司令的职务由撤销的兵部左侍郎练国事接任，郑成功专职训练管理他的海军部队，成为大都督府海军部部长兼海军总司令。
这个福州陆海军部队的分割，也就是遇到了忠君爱国的郑成功，才能毫无阻碍的执行下去。如果是其他将领，少不得要跟皇帝打一番官司。这就是朱由检当初为何要以暗杀的手段暗杀郑芝龙，将郑成功扶上位的原因。因为，只有郑成功才会那么听话，不折不扣的执行皇帝和朝廷的命令。
大都督府成立以后，朱由检就可以通过大都督府对全国的军队进行指挥和管理了，不用什么事都事必躬亲。
在成立大都督府的过程中，为了报复李自成两次派奸细给自己捣乱的卑鄙做法，朱由检也派了一百多名锦衣卫，作为特工潜入大顺国境内，给李自成捣乱搞破坏去了。
北方，大顺朝廷。
自从兵部尚书李岩统筹派人给大明朝使了两次绊子后，大家就在等着看大明朝的内乱。
但是，事与愿违，别说江南各省的王公贵族叛乱没给大明朝廷造成什么内乱，连席卷云南全省的土司叛乱也没有让大明朝伤筋动骨。
不仅没有伤筋动骨，大明朝还利用快速平定云南土司叛乱的辉煌胜利，用大明新闻报进行大规模的宣传，凝聚了江南各省百姓的民心。这个，就有点出乎大顺朝廷的预料了。
特别是云南土司叛乱，按李岩的谋划，冬季起事，大明朝廷是无法立刻出兵平叛的，只能等待来年春天以后再出兵。如此，就能给起事的土司叛军一个缓冲时间，加强实力，待来年春天�